Le 25 mai 2012, l’Arabie saoudite commande 55 Pilatus PC-21 pour la formation de pilotes militaires. Le soutien aux activités de formation devient ensuite un objet de la procédure Pilatus, en lien avec l’engagement saoudien dans la guerre au Yémen. Le SECO autorise le contrat ; les avions sont livrés et pris en charge sur place par des employés de Pilatus. En mai 2009, le Conseil fédéral donne une réponse favorable à une demande préalable concernant l’exportation de PC-21 armés vers les Émirats arabes unis. En novembre, les Émirats commandent 25 PC-21 ; Pilatus date la remise des trois derniers avions du 30 janvier 2012. La commande dépasse 500 millions de francs. Le SECO délivre une autorisation d’exportation. Après la découverte de grenades RUAG en Syrie, Pilatus doit provisoirement interrompre en juillet 2012 les livraisons de pièces de rechange et de logiciels, ainsi que l’entretien et les prestations de garantie pour les avions déjà livrés. Le 20 avril 2011, le Conseil fédéral autorise l’exportation de douze Pilatus PC-21 vers le Qatar et l’exportation temporaire de deux PC-21 que l’Arabie saoudite souhaite emprunter pour des vols d’essai. Ces décisions interviennent pendant les manifestations dans le monde arabe et l’intervention saoudienne au Bahreïn. Le 23 juillet 2012, le Qatar commande à Pilatus 24 PC-21 et un système de formation. La livraison fait suite aux autorisations controversées de 2011 pour les États du Golfe. En 2017, Pilatus conclut avec l’armée de l’air saoudienne un contrat de cinq ans pour la prise en charge des PC-21 stationnés à Riyad. En juin 2019, le DFAE interdit à Pilatus de fournir des prestations de soutien aux forces aériennes d’Arabie saoudite et des Émirats arabes unis, en invoquant leur participation à la guerre au Yémen. En janvier 2021, le Tribunal administratif fédéral annule la décision et renvoie l’affaire : le Conseil fédéral aurait dû être associé à l’examen d’une éventuelle exception motivée par les intérêts de l’État. En raison de l’effet suspensif, l’interdiction n’avait pas été appliquée pendant la procédure. La décision de 2019 exigeait le retrait d’une vingtaine d’employés de Pilatus dans un délai de quatre-vingt-dix jours. Dès octobre 2018, le DFAE avait ouvert une procédure de déclaration concernant les prestations de soutien en Arabie saoudite. Pilatus déclarait alors que ces activités étaient couvertes par une autorisation générale d’exportation délivrée en 2014 pour quatre ans et avaient été expliquées au DFAE et au SECO en 2015. Le DFAE affirmait au contraire n’avoir eu connaissance du contrat que peu auparavant. L’examen portait sur l’obligation de déclarer les prestations de sécurité privées fournies à l’étranger. Dans l’arrêt B-3427/2019 du 7 janvier 2021, le Tribunal administratif fédéral distingue le soutien logistique sur place interdit par le DFAE des prestations fournies depuis la Suisse. Les travaux de garantie, les améliorations de produits, les bulletins de service et certaines prestations d’assistance technique fournies depuis la Suisse étaient expressément exclus de la décision du 25 juin 2019.